冷冻治疗是应用低温作用于病变组织使之发生坏死，或诱发生物效应，以达到治疗目的。用于冷冻治疗的致冷剂有多种，其中以液氮较多，多数尖锐湿疣患者通过冷冻去除疣体尚可，难以清除HPV病毒，临床复发率较高。
冷冻治疗使病变组织坏死，其机理大致如下：①组织受到低温作用时，其中所含水分结冰形成冰晶，可引起细胞机械性损伤，尤其以细胞内的冰晶为甚。致冷剂温度越低对细胞损伤越大。同时细胞脱水而死亡。冰冻溶解期对细胞具有更大的杀伤作用，细胞间冰晶首先溶解吸收大量热量，使细胞内的剩余水分继续结冰，或者使原有冰晶增大，可致细胞更严重的损害。②低温引起局部血循环障碍。一方面引起血管收缩，血流减慢，进而血栓形成，阻断血流。另一方面低温可直接损伤血管，引起内皮细胞水肿、坏死，甚至溶解，使组织发生缺血死亡。③低温使细胞膜主要成分脂质蛋白复合物发生变性，致使细胞破裂。④低温引起的局部温度骤然下降，致使细胞发生温度性休克，引起细胞死亡。
冷冻对组织破坏程度与以下因素有关：①致冷剂的温度。温度越低，破坏作用越大。②冷冻时间。时间越长，破坏作用越大。③冻融次数。多次冻融比一次具有更大的破坏作用。④冷冻施加压力的大小。压力越大，破坏作用越大。⑤降温速度和复温速度。降温速度越快，复温速度越慢，破坏作用越大。
优嘉病毒疣医学研究所提醒：冷冻治疗属于物理治疗的一种，难以清除病毒，复发率较高。治疗期间或治疗后患者本身伴随的痛苦较大，如果担心复发或不愿忍受疼痛等，不建议使用冷冻治疗。
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